Dass der 1488 fertiggestellte Dom heute so schlicht erscheint, ist einer Renovierung im 17. Jahrhundert zu verdanken. Damals wurde der gesamte Innenraum der Kirche weiß gestrichen, auf Fresken oder farbige Fassungen wurde keine Rücksicht genommen. Außerdem wurde die Frauenkirche München im Zweiten Weltkrieg bei Luftangriffen 1943 bis 1945 schwer beschädigt, das Hallengewölbe stürzte teilweise ein und Teile der Einrichtung wurden zerstört. Die wertvollen Glasfenster aus dem 14. bis 16. Jahrhundert hatte man aber ausgebaut, gesichert und nach Kriegsende wieder eingebaut.
Im Zuge einer neuen künstlerischen Ausgestaltung in den 1990er-Jahren erhielt die Frauenkirche München ihre heutige Farbgebung, die wohl der Erstfassung ihres Baumeisters, Jörg von Halspach, entspricht. Außerdem wurden während dieser Arbeiten alle Einbauten und Kunstobjekte, die noch im Original vorhanden und im Laufe der Jahre aus der Kirche entfernt worden waren, zurückgeholt. Daher finden Besucher heute Objekte aus den letzten 500 Jahren vor. Zur Ausstattung jeder Kirche gehört auch eine Orgel – oder im Fall des Frauendoms vier davon. Wer nicht am Gottesdienst teilnehmen, aber dennoch in ihren Genuss kommen möchte, kann den Orgelkonzerten an Sonn- und Feiertagen lauschen.