Über den Hof findet auch der Zutritt zum Museum statt. Der Eingang in das Museum erfolgt durch ein großes Tor, das in das Erdgeschoss des barocken Scheunenanbaus führt. Da die historische Pflasterung des Hofes nicht angetastet werden durfte, musste der Erschließungsweg für gehbehinderte Besucherinnen und Besucher an der westlichen Außenseite des Ensembles vorbeigeführt werden: Eine Betonrampe führt vom Straßenniveau hinauf zum Erschließungsturm, der einen zweiten Zugang zum Hölderlinhaus bietet.
Im Erdgeschoß des barocken Scheunenanbaus sind neben dem Foyer die Kasse, der Shop und die Garderobe untergebracht. Den Architekten war es wichtig, dass das eigens für das Museum gestaltete Mobiliar Abstand von den historischen Wänden hält, um das Denkmalist ein Bauwerk, eine Anlage, ein Kunstwerk oder ein technisches Kulturgut, welches aufgrund seiner geschichtlichen, künstlerischen, kulturellen oder wissenschaftlichen Bedeutung unter Denkmalschutz steht. nicht zu beeinträchtigen. Auch das LeitsystemLeitsystem: Eine Anlage, die die Steuerung und Überwachung von Prozessen, beispielsweise in der Produktion oder in Straßentunneln, ermöglicht. im Museum ist aus diesem Grund nicht wandmontiert, sondern nutzt pultartige Aufsteller aus Metall. Über einen Medienraum für Projektionen und das historische Treppenhaus gelangen die Besucherinnen und Besucher in die Hauptausstellungsräume im Obergeschoss. Im Dachgeschoss befindet sich noch ein sogenanntes Lesezimmer, in dem Werke Hölderlins zur Lektüre ausgelegt sind. Außerdem ist hier noch ein Ausstellungssaal untergebracht. Er setzt sich unter der Überschrift „Hölderlin weltweit“ mit der internationalen Rezeption des Dichters auseinander.